Metagenómica, el futuro ya convive con nosotros.

Hola amantes de la lectura científica. Hoy les hablo desde el futuro. Torres et al. publicaran en 2026 esta hermosa revisión que nos trae maquinas futuristas a nuestro presente. ¿Será que no todo es MALDI-TOF, PCR en tiempo real sindrómica y estudios con RFLP, House keeping y palabras de postgrado? Veamos que nos cuentan los autores.

Metagenómica clínica para virus: entre el diagnóstico y la vigilancia(1)

“Un adolescente de 15 años, inmunocomprometido ingresó con fiebre prolongada sobre 39°C, cefalea y una punción lumbar sin hallazgos claros, a la espera del resultado de los 2 set de hemocultivo, es decir 40 ml dividido en 4 botellas, 1 botella anaeróbica + 1 botella aeróbica por set, 10 ml cada botella como dicta en mantra. PCR para virus neurotrópicos negativa, Streptococcus pneumoniae y Neisseria meningitidis también negativo por biología molecular. Cultivos sin crecimiento bacteriano a las 48h.

En la visita de sala a las 9 am, alguien, el interno por supuesto, preguntó lo que todos pensábamos: “¿y si no sabemos buscar lo que tiene en el LCR? Lo mas probable es que dijo si hacemos 16s?, palabras que todos hemos escuchado durante nuestro desempeño infecto-microbiológico”. Esa frase resume el punto ciego de la virología clínica, es más, podría decir de la microbiología clínica en general: muchas veces solo confirmamos lo que sospechamos. El resto, queda fuera de nuestro foco.

Este caso creo que a todos les hará sentido cuando lean el artículo de Nature Reviews Microbiology sobre metagenómica clínica para diagnóstico y vigilancia viral. La tesis central es clara: la metagenómica pasó de ser un experimento académico costoso a un método con aplicaciones clínicas reales, capaz de responder preguntas que la reacción en cadena de la polimerasa no logra descifrar. Virus inesperados, coinfecciones infrecuentes, brotes sin etiología conocida, o vigilancia de patógenos emergentes desde muestras clínicas, reservorios animales y ambientes como aguas residuales, OJO, esto último lo estamos haciendo y muy bien en Chile, por ejemplo, el estudio MAUCO(2).

Los autores comentan 3 pilares fundamentales de la metagenómica para la rutina clínica. Lo primero es el carácter agnóstico con el que se aborda a los patógenos. Puede sonar a una traducción literal, pero expresa una idea clave: en la búsqueda metagenómica no partimos necesariamente de una hipótesis diagnóstica definida, con 3 o 4 microrganismos en la cabeza. En lugar de ello, partimos de la muestra como un todo, como un universo completo a estudiar, dejando que los datos revelen qué agentes están presentes y cuál podría ser su relevancia clínica.

En segundo lugar, el punto más destacado de nuestra lectura es el salto tecnológico que hemos experimentado en los últimos años en salud, quizá lo más reconocido para nosotros sea ChatGPT, Gemini, notebookLM entre otras IA, pero la mirada en el paper es aún más amplia. Partiendo de la base que tenemos secuenciación rápida del genoma en universidades y algunas instituciones de salud, kits de enriquecimiento del material genético viral y pipelines bioinformáticos más accesibles, es decir, podemos partir fácilmente en lugares que antes secuenciar solo sería un sueño futurista. Tercero y último, pero no por eso menos importante, el impulso post-pandemia para ampliar nueva tecnologías bioinformáticas: COVID-19 mostró que la vigilancia genómica cambia decisiones, acelera alertas y permite entender rutas de transmisión en tiempo real. De ahí el interés global en sistemas de “early warning”.

La revisión también es prudente al mostrar los límites de la técnica. La contaminación es un problema subestimado hoy en día. Reactivos, ambiente y datos mal procesados pueden generar hallazgos inconsistentes o incluso falsos positivos, especialmente en muestras de baja carga viral (volumen de material genético en la muestra). La elección del pipeline bioinformático cambia resultados, así como el tamaño y el procesamiento de las bases de datos. No existe un estándar universal. Además, la implementación clínica exige validación y certificación por autoridades pertinentes, algo todavía en pañales para estas herramientas.

Hay preguntas éticas que debemos resolver: ¿qué hacer con hallazgos incidentales o virus sin significado clínico claro?, Quizá, si esta lectura les resultó interesante, puedan explorar también otra revolución que se avecina: el rol del viroma en ciertas patologías humanas.

Lo más interesante para Chile y LATAM es la visión de futuro: metagenómica rutinaria en laboratorios clínicos y en salud pública, integrada a decisiones clínicas y vigilancia comunitaria, idealmente con estructura UNA SALUD. Esa interoperabilidad podría acercar dos mundos que siempre avanzan en paralelo: el diagnóstico individual en el hospital, y la vigilancia poblacional. En LATAM esto podría tener impacto en enfermedades que no estén disponibles en paneles moleculares sindrómicos específicos, en zonas con circulación viral de menor frecuencia para el resto del mundo como Machupo en Bolivia o incluso virus desconocidos, por último, en brotes donde el laboratorio tradicional “no encuentra nada”.

Datos imperdibles en la revisión. Automation and IA, Viral Discovery, Surveillance next step.

Mi reflexión final. ¿Estamos preparados para incorporar estas metodologías y descubrir nuestro viroma, que respuestas podremos darle al equipo clínico posteriormente?

La metagenómica no viene a reemplazar la PCR, sino a potenciarla, llevando la biología molecular hacia preguntas más amplias. Nuestra respuesta determinará si continuamos confirmando las hipótesis que ya tenemos o si, finalmente, empezamos a descubrir aquello que nunca buscamos. Estoy ansioso por conocer de este futuro.

Referencias:

Torres Montaguth, O.E., Buddle, S., Morfopoulou, S. et al. Clinical metagenomics for diagnosis and surveillance of viral pathogens. Nat Rev Microbiol 24, 61–75 (2026). https://doi.org/10.1038/s41579-025-01223-5

Rafael Araos, Rachel M Smith, Ashley Styczynski, Felipe Sánchez, Johanna Acevedo, Lea Maureira, Catalina Paredes, Maite González, Lina Rivas, Maria Spencer-Sandino, Anne Peters, Ayesha Khan, Dino Sepulveda, Loreto Rojas Wettig, María Luisa Rioseco, Pedro Usedo, Pamela Rojas Soto, Laura Andrea Huidobro, Catterina Ferreccio, Benjamin J Park, Eduardo Undurraga, Erika M C D’Agata, Alejandro Jara, Jose M Munita, High Burden of Intestinal Colonization With Antimicrobial-Resistant Bacteria in Chile: An Antibiotic Resistance in Communities and Hospitals (ARCH) Study, Clinical Infectious Diseases, Volume 77, Issue Supplement_1, 1 July 2023, Pages S75–S81, https://doi.org/10.1093/cid/ciad283